Tanggal 22 Juni 1527 menjadi titik penting dalam sejarah sunda kelapa selanjutnya. Di bawah pimpinan Fatahillah, pasukan gabungan Demak-Cirebon melancarkan penyerangan dan berhasil menguasai kota tersebut.

Sejak saat itu, nama Sunda Kelapa diganti menjadi Jayakarta, yang berarti "kota kemenangan" dalam bahasa Sanskerta.

Perjuangan Fatahillah dan peran pentingnya dalam peristiwa ini menandai awal era baru, ketika Islam mulai berkembang di wilayah ini. 

Ada satu hal penting yang harus diketahui, walaupun ada perjanjian pertahanan dengan Portugis, namun bantuan militer Portugal untuk mempertahankan Pelabuhan Sunda Kelapa tidak pernah terwujud. 

Francisco de Saa, yang ditugaskan oleh kerajaan Portugal untuk melaksanakan perjanjian, baru tiba di Sunda Kelapa pada tahun 1527, setelah penyerangan oleh Fatahillah.

Pada akhir abad ke-16, Belanda tiba di Jayakarta, setelah sebelumnya, yakni pada tahun 1596, mengunjungi Banten terlbih dahulu. Periode ini ditandai dengan pergerakan geopolitik penting di wilayah tersebut.

Di awal abad ke-17, Jayakarta diperintah oleh seseorang yang masih merupakan bagian dari Kesultanan Banten, dia dikenal dengan Pangeran Jayakarta. 

Kota ini memiliki posisi strategis baik secara politik maupun ekonomi, karena riwayatnya sebagai pusat perdagangan rempah-rempah selama berabad-abad

VOC yang dipimpin oleh Jan Pieterszoon Coen, menaklukan Jayakarta pada tahun 1619, sebelumnya VOC terlebih dulu mengalahkan pasukan dari Kesultanan Banten.